La grotte des Perrats fut découverte en 1981, par des spéléologues de l’Association de recherches spéléologiques de La Rochefoucauld, à la suite de la désobstruction d’un terrier de blaireau. C’est sur le rejet d’un autre terrier, situé dans la salle principale de la grotte, que dans les jours qui suivirent l’exploration initiale fut recueilli le premier fragment d’un luxueux casque celtique du IVe siècle av. J.-C. Le lendemain, un autre fragment fut découvert dans les mêmes conditions.
La découverte des fragments du casque et l’observation, par José Gomez de Soto appelé sur les lieux, de tessons d’époques diverses, dont du Bronze ancien, période alors quasi inconnue en Centre-Ouest, motivèrent le déclanchement d’une campagne de fouille de sauvetage dès 1981. Son but était d’une part la récupération des autres fragments du casque celtique, supposés dispersés dans les conduits de terrier, d’autre part l’expertise stratigraphique du site.
À partir de 1982, devant l’intérêt majeur du gisement, les recherches se poursuivirent dans le cadre d’opérations de fouille programmée et ne se terminèrent qu’en 1994. À l’issue de la dernière campagne, environ 250 mètres carrés avaient été fouillés sur la hauteur complète de la stratigraphie, comprenant la plus grande partie de la salle principale, la galerie R. Balloux (jusqu’aux niveaux du Bronze ancien), la salle latérale et sa galerie d’accès. Plusieurs sondages furent en outre pratiqués : dans le réseau de galeries et, à l'extérieur de la cavité, dans le thalweg et sur le plateau dominant le site.
La reprise de la fouille du site des Perrats en 2002, après sept années d’interruption, avait pour objectif l’étude de la zone d’effondrement du porche et de celle située en avant d’elle.En effet, après quatorze ans de recherches à l’intérieur de la grotte, nous n’avions une bonne connaissance de ses occupations successives que dans les parties situées à une plus ou moins grande profondeur dans la cavité, qu’il s’agisse de la salle principale ou des galeries et salles adjacentes. Nous ne savions par contre que très peu de choses sur ce que qu’avaient pu être les modalités de ces occupations dans la zone d’entrée de la grotte, sous l’auvent ou en plein air à sa proximité immédiate. Leur organisation spatiale nous était inconnue ; nous ignorions l’existence et la nature d’éventuels aménagements de fermeture, ou celles d’autres structures – hormis le nivellement réalisé à La Tène, dont toutefois seule une partie très limitée avait été fouillée. Nous pouvions par ailleurs raisonnablement nous attendre à ce que les zones de plein éclairage naturel soient celles où se déroulèrent les activités les plus importantes, tout au moins pour certaines périodes.
L’extension de la fouille à l’extérieur de la grotte devait également permettre de préciser comment, aux diverses époques, celle-ci s’intégrait fonctionnellement dans son environnement. Le sondage conduit dans le thalweg avait en effet montré que certaines périodes, le Bronze ancien, le Bronze final IIa, l’Âge du Fer, le Moyen-Âge, représentées dans la cavité, ne semblaient pas l’être à l’extérieur. La grotte formait sans doute à ces époques une entité indépendante. Au contraire, au Bronze moyen, au Bronze final IIIb et à certains moments du Néolithique, périodes représentées dans le thalweg, elle paraissait n’avoir constitué qu’une partie d’une unité plus vaste, au sein de laquelle elle avait probablement été le lieu d’activités spécifiques.
Outre ces aspects généraux, la fouille de la zone du porche devrait apporter des données particulièrement importantes pour certaines périodes en particulier :
Pour La Tène, la fin de l’étude de l’aménagement en plate-forme de l’entrée, ainsi que celle d’éventuelles autres structures qui pouvaient être en rapport avec l’utilisation de la grotte comme sanctuaire à partir du IVe siècle av. J.-C., était d’un intérêt évident pour compléter notre connaissance d’un lieu de culte d’un type actuellement unique.
Pour le Bronze moyen, les indices, retrouvés dans la zone du porche, d’une activité métallurgique au cours de la dernière étape d’occupation, laissaient penser que cette activité s’était déroulée principalement à proximité, sous l’auvent ou en plein air devant la grotte. Si tel était le cas, la fouille d’un atelier métallurgique de cette période pouvait s’avérer extrêmement intéressante.
Pour le Bronze ancien, l’étude de la zone d’entrée de la grotte devait venir compléter notre connaissance de l’ensemble funéraire. Elle devait en particulier permettre de préciser comment était organisé l’espace sépulcral dans ce secteur, de quels aménagements il avait éventuellement fait l’objet et de quelle manière on y accédait.
Au Néolithique, l’occupation du site semble s’être effectuée essentiellement dans les zones de plein éclairage naturel. Leur fouille devait donc nous apporter des données complémentaires sur la culture matérielle, importantes pour notre connaissance de la phase moyenne du Néolithique, qui en Centre-Ouest continental reste encore très mal appréhendée en dehors des ensembles mégalithiques. En outre, les travaux étaient susceptibles de fournir des éclaircissements sur le contexte des restes humains du Néolithique récent, qui en 1994 demeurait inconnu.
Enfin, pour le Mésolithique les recherches devaient permettre de poursuivre l’étude de l’exceptionnel assemblage humain « cannibalisé ». Tout indiquait en effet à l’issue des premières fouilles, non seulement que le niveau de fréquentation se poursuit sous les effondrements de l’auvent, mais aussi que c’est là que se déroulèrent l’essentiel des activités cannibaliques. Les recherches devaient donc apporter des informations matérielles et contextuelles d’un intérêt majeur pour notre approche palethnologique du phénomène cannibale.